Los Finales se desbloquean cuando derrotas a jefes finales desde Mom hasta Mega Satán. Aquí hay un listado sobre todos los finales del juego
Epílogo
La madre de Isaac acorrala a Isaac en un rincón, preparándose para matarlo, pero la Biblia cae desde arriba y la mata. Isaac piensa que es victorioso, pero desafortunadamente resulta ser sólo una historia que Isaac ha escrito y segundos más tarde, la puerta de la habitación de Isaac se abre y mamá aparece otra vez con el cuchillo en la mano.
Final 1
Isaac se abre y cae en el cofre, que se cierra, encerrándolo en su interior. El cofre se sacude unas cuantas veces, y luego una luz brillante sale de ella. Isaac entonces emerge de él como Edén . Esto desbloquea dicho personaje, que ha asignado al azar artículos de partida y estadísticas.
Final 2
Isaac abre el cofre y encuentra cemento de goma dentro de él. Luego lo usa, y mira a la cámara con los ojos blancos y los párpados estirados. Esto desbloquea dicho elemento, un elemento pasivo que hace que tus lágrimas reboten frente a enemigos, objetos y paredes.
Final 3
Isaac abre el cofre y encuentra una soga dentro de él. Luego se cuelga con ella. Esto desbloquea el elemento Transcendencia , un elemento pasivo que da vuelo a Isaac.
Final 4
Isaac abre el cofre y encuentra una percha de alambre en su interior. A continuación, se muestra con él atascado en la cabeza. Esto desbloquea dicho ítem, un ítem pasivo que incrementa el stat de Tears de Isaac.
Final 5
Isaac abre el cofre. Su madre es escuchada gritando su nombre. Su brazo entonces sale del pecho, golpea a Isaac, lo agarra, y lo encierra dentro de él. La risa amortiguada de mamá se escucha. Esto desbloquea el logro "Everything is Terrible", que hace que el juego más difícil de varias maneras.
Final 6
Isaac abre el cofre, pero antes de que pueda revelar lo que encontró, se vuelve nauseado y vomita en el pecho, creando varias explosiones. Esto desbloquea el ítem Ipecac , un elemento pasivo que hace que Isaac escupa proyectiles explosivos.
Final 7
Isaac abre el cofre y encuentra una jeringa con un líquido amarillo dentro de ella. Luego se muestra deformado y feliz. Esto desbloquea el tema Tratamiento experimental , un elemento pasivo que aleatoriamente aumenta y disminuye las estadísticas de Isaac.
Final 8
Isaac abre el cofre y encuentra una moneda de un cuarto . Esto desbloquea dicho elemento, un elemento pasivo que instantáneamente le da a Isaac 25 centavos.
Final 9
Isaac abre el cofre y encuentra al Dr. Fetus dentro de él. A continuación, se lo ve con el sombrero y el monóculo característicos del Dr. Fetus. Esto desbloquea dicho artículo, un elemento pasivo que convierte las lágrimas de Isaac en bombas más débiles.
Final 10
Isaac abre el cofre y encuentra a ??? acostado dentro de ella. El mismo se sienta y le sonríe, lo que aterroriza a Isaac. Esto desbloquea a dicho personaje, que comienza con The Poop y solo puede tener corazones de alma o corazones negros.
Final 11
Isaac abre el cofre, y It Lives aparece detrás de él. Luego éste gruñe y le sonríe. Esto desbloquea a dicho jefe, una versión más difícil del Corazón de Mamá que la reemplaza permanentemente.
Final 12
Isaac abre el cofre, que tiene una luz brillante que sale de ella. La pantalla entonces hace ciclos a través de varias escenas de diferentes personajes en diferentes lugares, antes de finalmente terminar en la habitación de Isaac. Entonces él se mete en el cofre y lo cierra.
Final 13
Isaac se muestra leyendo una Biblia y luego mira hacia su espejo, que lo muestra con ojos rojos y piel negra. Creyendo que está lleno de pecado, Isaac cierra la Biblia y ve con vergüenza un gran cofre en la esquina de su habitación.
Final 14
Varios cuadros se muestran de Isaac y su familia, mostrando varios acontecimientos como Isaac que tiene una sombra demoníaca, su padre que sale, y su madre enojada que sostiene un cuchillo. La pantalla entonces se desvanece a negro y dice "El Fin" con un cofre al lado.
Final 15
La cámara va lentamente hacia Un Missing Poster en un poste de teléfono, con la madre de Isaac mirando alrededor en el fondo.
Final 16
Isaac se muestra encerrado dentro de un cofre con la pata de Guppy visible. Su respiración y ritmo cardíaco aumentan gradualmente mientras las imágenes de un Isaac demoníaco parpadean en la pantalla, hasta que él hace la transformación demoníaca.
Final 17
La película comienza mostrando el Missing Poster del Final 15, con la casa de Isaac en el fondo. La escena cambia al cofre de Isaac, con la sombra de su madre sobre ella. El cofre se abre y varias moscas lo dejan. A continuación, se abre el cofre, mostrando los restos esqueléticos de Isaac. Una araña puede ser vista arrastrándose dentro del agujero del ojo del cráneo de Isaac y una mosca zooms en la cámara, entonces la escena cambia a un paisaje espeluznante y espantoso.
Isaac sale de un cofre diferente, y una sombra grande se forma detrás de él. De la sombra crecen colmillos y ojos rojos, mientras que la escena blacks hacia fuera acompañada con ambiente del sitio del diablo .
Final 18 (Final del Greed Mode)
Isaac se muestra dentro de una pequeña cueva, seguido por Isaac dando la vuelta para ver la entrada de la cueva colapsando, atrapándolo y unas pocas moscas dentro de él. La pantalla entonces corta de nuevo a la misma cueva, con las rocas que son despejadas para demostrar un comerciante putrefacto. El tendero de repente sonríe a la cámara y la escena termina.
Final 19 (Final del Greedier Mode)
Isaac se muestra dentro de una pequeña cueva, seguido por Isaac dando la vuelta para ver la entrada de la cueva colapsando, atrapándolo y unas pocas moscas dentro de él. La pantalla entonces corta de nuevo a la misma cueva, con las rocas que son despejadas para demostrar un comerciante putrefacto.
El tendero de repente sonríe a la cámara, su cabeza se cae, y comienza a vomitar un géiser de arañas.
Final 20 (El final "Verdadero")
Isaac se muestra acostado dentro de su cofre de juguetes, respirando pesadamente. En un recuerdo se le muestra dibujando y sonriendo (pero todavía desnudo), pero se distrae por el ruido (presumiblemente sus padres peleando), y mira a uno de sus dibujos de su casa con un subtítulo que dice "vivimos aquí". Él recuerda haber visto a su madre llorando delante de la televisión.
Su respiración se vuelve más rápida cuando recuerda haber visto una versión quemada de The Polaroid , o la foto rasgada , con el rostro de su padre parcialmente quemado, de pie frente a su cofre de juguete lleno de fotos polaroid. Su respiración se ralentiza, Isaac se muestra mostrando azul en el pecho y se muestra una pared.
Los cuadros colgados en la pared son (de derecha a izquierda): Isaac con sus padres; La casa de Isaac; Isaac con Guppy ; Isaac jugando con su padre; Isaac viendo a sus padres luchar; Isaac con su madre; Isaac con una peluca / Magdalena ; La madre de Isaac con un cuchillo, enojada; Un demonio con la palabra "malo" escrito con tinta roja; Un demonio sonriente con las palabras "soy el diablo" escrito en él (así como una pequeña flecha etiquetada "yo" que señala en él); Un pentagrama , una vez más con la palabra "malo" escrito en él; Y finalmente, un demonio que se muestra por encima de los padres muertos y cubiertos de sangre de Isaac, riéndose. El lado izquierdo de la pared también está cubierto con las palabras "mal", "malo" y "soy el diablo".
Cuando se muestra la pared, los ruidos de una discusión en el fondo se hacen más fuertes, culminando en la voz de un hombre que dice audiblemente "¡Me voy!". Después de un corte a negro, el esqueleto de Isaac se muestra recostado en el cofre, cubierto de telarañas. Se abre el cofre y se muestra el Missing Poster del final 15, que cae del poste de teléfono que está fuera de la casa de Isaac. Por último, Isaac se muestra vagando por el paisaje espantoso color dorado de final 17